لا شك أن كل ما له ميزاته الخاصة يقابله أيضاً بعض العيوب، ولكن PHP مزاياها تفوق عيوبها ومن أبرز هذه العيوب نذكرها في النقاط التالية:
\_ لغة PHP غير مناسبة لتطبيقات الويب العملاقة القائمة على المحتوى، كما أنها غير قادرة على التعامل مع عدد كبير من التطبيقات.
\_ نتيجة لأن PHP لغة مفتوحة المصدر فقد تفتقد للكثير من الأمان؛ حيث يمكن لجميع الأشخاص رؤية الكود المصدري وإذا كان هناك أخطاء فقد يستخدموا هذا الخطأ لاستكشاف نقاط الضعف بها.
\_ تحتاج إلى تعلم إطارات العمل Frame Works الخاصة بلغة PHP واستخدام وظائفها المدمجة حتى تتجنب كتابة الأكواد الإضافية.
\_ استخدام المزيد من ميزات الـ Frame Works والأدوات Tools الخاصة بـ PHP قد يؤدي أحياناً إلى ضعف أداء التطبيقات عبر الإنترنت.
\_ لا تسمح لغة PHP بالتغيير أو التعديل في السلوك الأساسي للتطبيقات عبر الإنترنت.
\_ يعتقد بعض المطورون أن PHP لها جودة رديئة في معالجة الأخطاء وتفتقر إلى أدوات التصحيح اللازمة للبحث عن الأخطاء والتحذيرات، كما أن لديها عدد أقل من أداوت تصحيح الأخطاء بالمقارنة مع لغات البرمجة الأخرى.
\_ يعتقد بعض المطورون أن PHP قد تتراجع شعبيتها في المستقبل ويحل محلها لغة Python لأنها أسهل من PHP في تطبيقات الويب ويفضلها العديد من المطورين المبتدئين.